Na naszym obszarze mamy do czynienia z różnymi formami ochrony przyrody, krajobrazu i obszarami funkcyjnymi o zróżnicowanym układzie reżimów ochronnych. Od obszaru chronionego krajobrazu, poprzez leśny kompleks promocyjny, rezerwaty przyrody, pomniki przyrody, użytki ekologiczne, stanowiska dokumentacyjne, ochronę gatunkową roślin i zwierząt, po obszary Natura 2000.

       W zasięgu administracyjnym nadleśnictwa występują liczne gatunki chronione: 107 – roślin, 23 grzybów i porostów, 90 – bezkręgowców, 5 – kręgoustych i ryb kostnych, 13 - płazów, 7 - gadów, 199 - ptaków i 41 - ssaków.

       Teren naszego nadleśnictwa  stanowi fragment staroglacjalnej wysoczyzny morenowej, powstałej w wyniku rozpadu lądolodu skandynawskiego, stadiału Warty.

        W krajobrazie dominuje płasko – falista równina. Krajobraz urozmaicają liczne doliny rzeczne, obniżenia o charakterze wytopiskowym i strefa elewacji ciągnąca się równoleżnikowo na linii Hajnówka – Białowieża. Przeciętna wysokość nad poziom morza wynosi 165 – 175 m.

        Formy ukształtowane przez lodowiec zostały w późniejszych okresach silnie przeobrażone, zwłaszcza gdy dzisiejszy obszar Puszczy znajdował się w strefie tundry arktycznej.

       Obszar Nadleśnictwa Hajnówka należy do zlewni Morza Bałtyckiego, a głównym elementem hydrograficznym są rzeki. Z rzekami połączone są liczne drobne cieki najczęściej naturalnego pochodzenia, płynące niekiedy głębokimi przekopami, wykonanymi w celu odwodnienia zagłębień i podmokłości.

       Sieć rzeczna w zasięgu terytorialnym nadleśnictwa jest słabo rozwinięta, dobrze wykształcone doliny rzeczne są typowe jedynie dla największych rzek. Większość obszaru Nadleśnictwa Hajnówka leży w dorzeczu Wisły i jej dopływów. Nadleśnictwo Hajnówka położone jest w strefie klimatu umiarkowanego kontynentalnego, chłodnego z wpływami klimatu atlantyckiego.

      Nadleśnictwo Hajnówka, jako jedno z trzech nadleśnictw puszczańskich, podlega ochronie i zagospodarowaniu leśnemu w sposób specjalny, tworząc wzorcowy  kompleks promocyjny o nazwie : Leśny Kompleks Promocyjny ,,Puszcza Białowieska'', którego głównym celem jest ochrona substancji i walorów Puszczy Białowieskiej polegającej na zachowaniu procesów ekologicznych.